档案自提和邮寄的主要区别在于效率。档案从一个地方调到另一个地方时，邮寄档案是通过邮政快递送达，整个过程规范高效。自提档案是由自己或专人专送，送达别处时需要持有报到证或调档函，并且档案密封完好，若不达标当地机构有权拒收档案，过程相对繁琐。
邮寄档案在安全保障上比较好一些，流程公开透明，收发都有记录，不小心遗失了，也比较方便找回或追责。自提档案是自己或专人专送，如果不小心遗失了，会比较难找回来。
一般档案转档，大多会采用邮寄的方式，也有部分档案管理机构会要求自提携带报道，具体建议咨询接收档案的当地机构。
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